Pieniny ležia nad vrstvou prachovej atmosféry a sú vzdialené od priemyselných centier. V blízkosti Pienin sa nevyskytujú výraznejšie priemyselné zdroje znečistenia ovzdušia. Oblasť je zanedbateľne emisne zaťažená, v dôsledku vhodnej polohy a charakteru hradby zachytávajúcej imisný spád z emisií prenášaných západným, resp. severozápadným prúdením vzduchu. Okrem toho čistotu ovzdušia zaisťuje aj odlišná vegetácia a v zime súvislá snehová pokrývka.
Pre svoju polohu so stupňom stimulácie 1 sú kúpele vhodné aj pre ťažšie stavy, kde by bola vyššia stimulácia možno príliš zaťažujúca.
Vhodné sú aj pre starších pacientov a pacientov s poruchami rytmu, ktorí sa majú lepšie v stredohorskej lesnej klíme ako vo vysokohorskej. Tak isto je táto lokalita vhodná pre kombináciu liečených indikácií s reumatickými ochoreniami, pričom veľmi vhodná klíma je pre rekonvalescenciu pri ťažkých stavoch a rozsiahlejších operáciách. Pieniny sú jedinečné preto, že sú v tak malej horizontálnej vzdialenosti všetky typy horskej klímy, ale aj jaskynného prostredia.